2.2. Amino acid sequence homology a

2.2. Amino acid sequence homology and potential site of glycosylation searches
2.2.1. Amino acid sequence homology search
An in silico search was conducted to identify any protein known to present potential
allergenicity concerns possessing a 35% amino acid identity with the
Cry1Ab/Ac proteins, on a window of 80 amino acids. To a certain extent, this evaluation
may be extrapolated to potential toxicity concerns. The complete amino acid
sequence of the Cry1Ab/Ac proteins was compared with all protein sequences present
in six large reference public databases: NR, Refseq_Protein, SwissProt, Pat, PDB
and Env_nr. The algorithm used was BLASTP 2.2.18+ and the scoring matrix BLOSUM62.
With the same bioinformatics program (see the section above), a study
was carried out by comparing the Cry1Ab/Ac protein, subdivided into eight amino
acid blocks, with epitopes of all probable allergens present in the Allergen database
(Hérouet et al., 2005).
2.2.2. N-glycosylation search
The full lengths of the Cry1Ab/Ac protein were examined for any N-glycosylation
sites by NetNGlyc 1.0 Server (http://cn.expasy.org). This study was also complemented
by an in vitro assay.

Results (Thai) 1:

2.2 ด้วยกรดอะมิโนลำดับ homology และศักยภาพไซต์ glycosylation ค้น2.2.1. กรดอะมิโนลำดับ homology ค้นหาการใน silico ค้นหาวิธีการเพื่อระบุโปรตีนใด ๆ รู้จักศักยภาพปัจจุบันallergenicity กังวลมีตัวกรดอะมิโน 35% มีการโปรตีน Cry1Ab/Ac บนหน้าต่างของกรดอะมิโน 80 ขอบแบบบางเขต การประเมินนี้อาจ extrapolated เป็นความกังวลความเป็นพิษอาจเกิดขึ้น กรดอะมิโนสมบูรณ์ลำดับของโปรตีน Cry1Ab/Ac ถูกเปรียบเทียบกับลำดับโปรตีนทั้งหมดปัจจุบันในฐานข้อมูลสาธารณะอ้างอิงขนาดใหญ่ 6: NR, Refseq_Protein, SwissProt, Pat, PDBและ Env_nr อัลกอริทึมที่ใช้เป็น BLASTP 2.2.18+ และเมทริกซ์ให้คะแนน BLOSUM62กับโปรแกรม bioinformatics เดียว (ดูหัวข้อข้างต้น), การศึกษาได้ดำเนินการ โดยการเปรียบเทียบโปรตีน Cry1Ab/Ac ปฐมภูมิเป็นแปดอะมิโนบล็อกกรด กับ epitopes ของทั้งหมดน่าเป็นสารก่อภูมิแพ้ในฐาน Allergen(Hérouet et al., 2005)2.2.2. N-glycosylation ค้นหามีการตรวจสอบความยาวเต็มของโปรตีน Cry1Ab/Ac สำหรับ glycosylation N ใด ๆไซต์เซิร์ฟเวอร์ 1.0 NetNGlyc (ส่วน http://cn.expasy.org) การศึกษานี้ไม่ยังครบครันโดยในการวิเคราะห์

Results (Thai) 2:

2.2 ที่คล้ายคลึงกันลำดับกรดอะมิโนและเว็บไซต์ที่มีศักยภาพของการค้นหา glycosylation
2.2.1 อะมิโนกรดค้นหาลำดับที่คล้ายคลึงกันในการค้นหา silico ได้ดำเนินการในการระบุโปรตีนที่รู้จักกันที่จะนำเสนอที่อาจเกิดความกังวลภูมิแพ้ที่มีความเป็นเอกลักษณ์กรดอะมิโน35% กับCry1Ab / โปรตีน Ac บนหน้าต่าง 80 กรดอะมิโน ในระดับหนึ่ง, การประเมินผลนี้อาจได้รับการประเมินความเป็นพิษของความกังวลที่อาจเกิดขึ้น กรดอะมิโนที่สมบูรณ์แบบลำดับของ Cry1Ab / โปรตีน Ac เมื่อเทียบกับโปรตีนลำดับปัจจุบันในหกอ้างอิงฐานข้อมูลสาธารณะขนาดใหญ่: NR, Refseq_Protein, SwissProt แพ็ต, PDB และ Env_nr อัลกอริทึมที่ใช้เป็น BLASTP 2.2.18+ และเมทริกซ์คะแนน BLOSUM62. ด้วยโปรแกรมชีวสารสนเทศเดียวกัน (ดูในส่วนด้านบน) การศึกษาได้ดำเนินการโดยการเปรียบเทียบ Cry1Ab / โปรตีน Ac แบ่งออกเป็นแปดอะมิโนบล็อกกรดกับepitopes ของ สารก่อภูมิแพ้ที่น่าจะเป็นทั้งหมดที่มีอยู่ในฐานข้อมูลของสารก่อภูมิแพ้(Hérouet et al., 2005). 2.2.2 ค้นหา N-glycosylation ความยาวเต็มรูปแบบของ Cry1Ab / โปรตีน Ac มีการตรวจสอบสำหรับการใด ๆ N-glycosylation เว็บไซต์โดย NetNGlyc 1.0 Server (http://cn.expasy.org) การศึกษาครั้งนี้ยังได้รับการเติมเต็มด้วยการทดสอบในหลอดทดลอง

Results (Thai) 3:

2.2 . ลำดับกรดอะมิโนและเว็บไซต์ที่มีศักยภาพของการค้นหา glycosylation
2.2.1 . ลำดับกรดอะมิโน ซึ่งเป็นในการค้นหาสำหรับการค้นหา
มีวัตถุประสงค์เพื่อระบุใด ๆที่มีโปรตีนที่รู้จักกันจนถึงปัจจุบัน
allergenicity ข้อสงสัยครอบครอง 35% กรดอะมิโนตัวด้วย
cry1ab / AC โปรตีนบนหน้าต่าง 80 กรดอะมิโน เพื่อบางขอบเขต , การประเมิน
อาจจะคาดศักยภาพความเป็นพิษของความกังวล และกรดอมิโน
ลำดับ cry1ab / AC โปรตีนเมื่อเทียบกับลำดับโปรตีนทั้งหมดปัจจุบัน
6 ขนาดใหญ่สาธารณะฐานข้อมูลอ้างอิง : NR , refseq_protein swissprot , pat , PDB ,
env_nr และ อัลกอริทึมที่ใช้ คือ blastp 2.2.18 และเกณฑ์การให้คะแนนแบบ blosum62 .
กับโปรแกรมชีวสารสนเทศเดียวกัน ( ดูส่วนด้านบน ) การศึกษา
กระทำโดยเปรียบเทียบ cry1ab / AC โปรตีนแบ่งออกเป็นบล็อกกรดอะมิโน
8 กับผู้ป่วยทั้งหมดที่มีอยู่ในฐานข้อมูลเป็นสารก่อภูมิแพ้ allergen
( H é rouet et al . , 2005 ) .
2.2.2 . การค้นหา n-glycosylation
ความยาวเต็มรูปแบบของโปรตีน cry1ab / AC ทดสอบใด ๆ n-glycosylation
เว็บไซต์โดย netnglyc 1.0 เซิร์ฟเวอร์ ( http : / / cn expasy . org ) การศึกษานี้ยังครบครัน
โดยผลการทดสอบ