Guidelines for Primer DesignG1. Pri

Guidelines for Primer Design

G1. Primer length should be in the range of 18 to 22 bases. Primers less than 18 bases will have a low melting temperature (Tm values) and might not anneal to the template. There is some flexibility for designing primers longer than 18 bases. Longer primers are frequently designed from template regions that are AT-rich and need additional bases to increase the Tm value.

G2. The primer should have GC content of 50% to 55%. This is the equivalent of 9 or 10 GC bases included in an 18 base primer. Sometimes there are regions on a template that are AT-rich which prevents meeting this guideline. In those cases it is recommended to design a primer longer than 18 bases.

G3. Primers should have a GC-lock on the 3’ end. A GC-lock is designed when 2 of the final 3 bases is a G or a C. The 3’ base should always be a G or a C.

G4. The melting temperature of any good primer should be in the range of 50OC to 55OC. However, guidelines particularly related to Tm value have some flexibility. Melting temperatures are directly related to the PCR cycle annealing temperature. Tm values that are too low may not anneal well during PCR. High values could be too stringent causing difficulty locating the correct annealing site on the template.

G5. The primer should not include poly base regions. This is when 4 or more bases in a row are the same. This guideline helps prevent potential slippage in which the primer shifts from the annealed position.

G6. Four or more bases that compliment either direction of the primer should be avoided. This prevents the primer from annealing to itself and forming what is referred to as primer-dimer. Primer-dimers have the capability of amplifying the primer itself causing short secondary sequence.

PCR Specific Guidelines

G7. Forward and reverse primers used in PCR amplification should have similar melting temperatures (+/- 2OC). This allows a 4OC difference in total melting temperatures. Researchers involved in using PCR amplification will use primer Tm values in an effort to optimize PCR cycles. Similar Tm values for forward and reverse primers aid optimization efforts. Multiplex PCR applications using multiple primer pairs should all have similar Tm values. A wide range in primer melting temperature complicates PCR optimization.

G8. Forward and reverse primers should not have regions 4 bases or longer that compliment. Just like a primer used in Sanger sequencing, forward and reverse primers used in PCR can anneal to each other and form primer-dimers.

G9. The Tm values for tailed primers should include the tail in calculating melting temperature. Yes, melting temperatures will be greater than 55OC. However, the additional bases in the tail will add to the amplified PCR fragment and become part of the priming site. Tailed primers are often used to add restriction sites to an amplified product.

Results (Indonesian) 1:

Pedoman untuk desain PrimerG1. Primer panjang harus dalam kisaran basis 18-22. Primers kurang dari 18 basis akan memiliki temperatur leleh yang rendah (Tm nilai) dan mungkin tidak Anil ke template. Ada beberapa fleksibilitas untuk merancang primers lebih dari 18 basis. Lagi primers sering dirancang dari daerah template yang di-kaya dan perlu tambahan basis untuk meningkatkan nilai Tm.G2. Primer harus memiliki konten GC 50% untuk 55%. Ini adalah setara dengan 9 atau 10 GC basis termasuk dalam primer dasar 18. Kadang-kadang ada daerah pada template yang di-kaya yang mencegah pertemuan pedoman ini. Dalam kasus-kasus dianjurkan untuk merancang primer lebih dari 18 basis.G3. Primers harus memiliki GC-lock pada akhir 3'. GC-lock dirancang ketika 2 dari akhir dasar 3 G atau C. 3' dasar harus selalu G atau C.G4. Suhu mencair primer baik apapun harus berada dalam kisaran 50oC untuk 55OC. Namun, pedoman terutama yang berkaitan dengan nilai Tm memiliki beberapa fleksibilitas. Suhu mencair secara langsung berhubungan dengan siklus PCR Anil suhu. Nilai-nilai TM yang terlalu rendah mungkin tidak Anil baik selama PCR. Nilai-nilai yang tinggi bisa menjadi terlalu ketat menyebabkan kesulitan menemukan situs Anil yang benar pada template.G5. Primer tidak harus mencakup daerah basis Poli. Ini adalah ketika 4 atau lebih berturut-turut adalah sama. Pedoman ini membantu mencegah slip potensial di mana primer bergeser dari posisi annealed.G6. Empat atau lebih basis pujian itu kedua arah primer harus dihindari. Hal ini mencegah primer dari pelunakan dirinya sendiri dan membentuk apa yang disebut sebagai primer-dimer. Primer-dimers memiliki kemampuan untuk memperkuat primer sendiri menyebabkan urutan menengah pendek.Pedoman khusus PCRG7. Maju dan reverse primers digunakan dalam PCR amplifikasi harus memiliki serupa suhu mencair (+/-2OC). Hal ini memungkinkan perbedaan total mencair suhu 4OC. Para peneliti yang terlibat dalam menggunakan PCR amplifikasi akan menggunakan nilai-nilai Tm primer dalam upaya untuk mengoptimalkan siklus PCR. Nilai-nilai Tm yang serupa untuk maju dan reverse primers membantu upaya optimasi. Multipleks PCR aplikasi menggunakan beberapa pasang primer harus semua memiliki serupa nilai Tm. Berbagai suhu mencair primer merumitkan PCR optimasi.G8. Maju dan reverse primers tidak seharusnya daerah 4 basis atau lagi yang pujian. Sama seperti primer yang digunakan dalam Sanger sequencing, maju dan reverse primers digunakan dalam PCR dapat Anil satu sama lain dan bentuk primer-dimers.G9. Nilai Tm ekor primers harus memasukkan ekor dalam menghitung temperatur leleh. Ya, mencair suhu akan lebih besar daripada 55OC. Namun, pangkalan tambahan di ekor akan menambah PCR fragmen dan menjadi bagian dari situs priming. Ekor primers sering digunakan untuk menambahkan batasan situs produk diperkuat.

Results (Indonesian) 2:

Pedoman Primer Desain

G1. Panjang primer harus dalam kisaran 18 sampai 22 basis. Primer kurang dari 18 basis akan memiliki temperatur leleh rendah (nilai Tm) dan mungkin tidak anil ke template. Ada beberapa fleksibilitas untuk merancang primer lebih dari 18 pangkalan. Primer lagi sering dirancang dari daerah Template yang AT-kaya dan perlu basa tambahan untuk meningkatkan nilai Tm.

G2. Primer harus memiliki konten GC dari 50% menjadi 55%. Ini adalah setara dengan 9 atau 10 basis GC termasuk dalam 18 basis primer. Kadang-kadang ada daerah di template yang AT-kaya yang mencegah pertemuan pedoman ini. Dalam kasus-kasus dianjurkan untuk merancang primer lebih dari 18 pangkalan.

G3. Primer harus memiliki GC-kunci pada ujung 3 '. Sebuah GC-lock dirancang ketika 2 dari final 3 basis adalah G atau basis C. 3 'harus selalu menjadi G atau C.

G4. Suhu leleh setiap primer yang baik harus dalam kisaran 50OC ke 55oC. Namun, pedoman khususnya yang berkaitan dengan nilai Tm memiliki beberapa fleksibilitas. Suhu mencair secara langsung terkait dengan PCR suhu siklus anil. Nilai-nilai Tm yang terlalu rendah mungkin tidak anil baik selama PCR. Nilai-nilai yang tinggi bisa menjadi kesulitan menyebabkan terlalu ketat lokasi situs anil yang benar pada template.

G5. Primer tidak harus mencakup daerah basis poli. Ini adalah ketika 4 atau lebih basa berturut-turut adalah sama. Pedoman ini membantu mencegah potensi selip di mana pergeseran primer dari posisi anil.

G6. Empat atau lebih basa yang pujian kedua arah primer harus dihindari. Hal ini untuk mencegah primer dari anil untuk dirinya sendiri dan membentuk apa yang disebut sebagai primer-dimer. Primer-dimer memiliki kemampuan memperkuat primer itu sendiri menyebabkan urutan sekunder singkat.

PCR Pedoman Spesifik

G7. Maju dan mundur primer yang digunakan dalam PCR amplifikasi harus memiliki suhu leleh yang sama (+/- 2oC). Hal ini memungkinkan perbedaan 4oC total suhu leleh. Peneliti yang terlibat dalam menggunakan PCR amplifikasi akan menggunakan nilai Tm primer dalam upaya untuk mengoptimalkan siklus PCR. Nilai Tm yang sama untuk maju dan mundur primer upaya optimasi bantuan. Aplikasi PCR multipleks menggunakan beberapa pasang primer semua harus memiliki nilai yang sama Tm. Sejumlah suhu leleh primer mempersulit optimasi PCR.

G8. Maju dan mundur primer harus tidak memiliki daerah 4 basis atau lebih pujian itu. Sama seperti primer yang digunakan dalam Sanger sequencing, maju dan mundur primer yang digunakan dalam PCR dapat anil untuk setiap primer-dimer lain dan bentuk.

G9. Nilai-nilai Tm untuk primer tailed harus mencakup ekor dalam menghitung temperatur leleh. Ya, mencair suhu akan lebih besar dari 55oC. Namun, dasar tambahan di bagian ekor akan menambah PCR fragmen diperkuat dan menjadi bagian dari situs priming. Primer ekor sering digunakan untuk menambahkan situs restriksi untuk produk diperkuat.