Kimchi, a traditional food in the K

Kimchi, a traditional food in the Korean culture, is made from vegetables by fermentation. In this study, metagenomic approaches were used to monitor changes in bacterial populations, metabolic potential, and overall genetic features of the microbial community during the 29-day fermentation process. Metagenomic DNA was extracted from kimchi samples obtained periodically and was sequenced using a 454 GS FLX Titanium system, which yielded a total of 701,556 reads, with an average read length of 438 bp. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA genes from the metagenome indicated that the kimchi microbiome was dominated by members of three genera: Leuconostoc, Lactobacillus, and Weissella. Assignment of metagenomic sequences to SEED categories of the Metagenome Rapid Annotation using Subsystem Technology (MG-RAST) server revealed a genetic profile characteristic of heterotrophic lactic acid fermentation of carbohydrates, which was supported by the detection of mannitol, lactate, acetate, and ethanol as fermentation products. When the metagenomic reads were mapped onto the database of completed genomes, the Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293 and Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K genomes were highly represented. These same two genera were confirmed to be important in kimchi fermentation when the majority of kimchi metagenomic sequences showed very high identity to Leuconostoc mesenteroides and Lactobacillus genes. Besides microbial genome sequences, a surprisingly large number of phage DNA sequences were identified from the cellular fractions, possibly indicating that a high proportion of cells were infected by bacteriophages during fermentation. Overall, these results provide insights into the kimchi microbial community and also shed light on fermentation processes carried out broadly by complex

Results (Thai) 1:

กิมจิ อาหารในเกาหลี ทำจากผัก โดยหมัก ในการศึกษานี้ วิธี metagenomic ถูกใช้เพื่อตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงประชากรแบคทีเรีย เผาผลาญอาจ คุณลักษณะ และ การรวมพันธุกรรมของจุลินทรีย์ในระหว่างการหมักวันที่ 29 Metagenomic ดีเอ็นเอที่สกัดจากตัวอย่างกิมจิที่ได้รับเป็นระยะ ๆ และเรียงลำดับใช้ 454 GS FLX ไทเทเนียมระบบ ซึ่งผลทั้งหมด 701,556 อ่าน มีค่าเฉลี่ยการอ่านจำนวน 438 bp. Phylogenetic วิเคราะห์ตาม 16S rRNA ยีน metagenome ที่ระบุว่า microbiome กิมจิถูกครอบงำ โดยสมาชิกของสกุลสาม: Leuconostoc แลคโตบาซิลลัส และ Weissella กำหนด metagenomic ลำดับที่ประเภทเมล็ดประกอบอย่างรวดเร็ว Metagenome ใช้เทคโนโลยีระบบย่อย (MG-RAST) เซิร์ฟเวอร์เปิดเผยประวัติทางพันธุกรรมลักษณะของการหมักกรดแลกติก heterotrophic ของคาร์โบไฮเดรต ซึ่งได้รับการสนับสนุน โดยการตรวจพบของ mannitol, lactate, acetate และเอทานอลเป็นผลิตภัณฑ์หมักดอง เมื่ออ่าน metagenomic ถูกแมปไปยังฐานข้อมูลของ genomes เสร็จสมบูรณ์ มีแสดงที่ Leuconostoc mesenteroides ถั่ว mesenteroides ATCC 8293 และแลคโตบาซิลลัส sakei ถั่ว sakei 23K genomes สูง สกุลสองเดียวกันเหล่านี้ได้ยืนยันให้ความสำคัญในการหมักกิมจิเมื่อส่วนใหญ่ของกิมจิ metagenomic ลำดับแสดงให้เห็นตัวตนสูงมาก Leuconostoc mesenteroides และยีนแลคโตบาซิลลัส นอกจากจุลินทรีย์กลุ่มลำดับ ลำดับ DNA ของ phage จำนวนโต๊ะได้ระบุจากเศษโทรศัพท์มือถือ อาจบ่งชี้ว่า สัดส่วนที่สูงของเซลล์ติดเชื้อ bacteriophages ในระหว่างการหมัก โดยรวม ผลเหล่านี้ให้ลึกชุมชนจุลินทรีย์กิมจิ และยัง หลั่งน้ำตาแสงในกระบวนการหมักดำเนินการอย่างกว้างขวาง โดยคอมเพล็กซ์

Results (Thai) 2:

กิมจิเป็นอาหารแบบดั้งเดิมในวัฒนธรรมเกาหลีที่ทำจากพืชผักผลไม้โดยการหมัก ในการศึกษานี้วิธี Metagenomic ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในประชากรแบคทีเรียที่มีศักยภาพการเผาผลาญและคุณสมบัติทางพันธุกรรมโดยรวมของชุมชนจุลินทรีย์ในระหว่างขั้นตอนการหมัก 29 วัน ดีเอ็นเอ Metagenomic สกัดจากตัวอย่างกิมจิที่ได้รับเป็นระยะ ๆ และได้รับการจัดลำดับขั้นตอนโดยใช้ 454 GS FLX ระบบไทเทเนียมซึ่งให้ผลรวมของ 701,556 อ่านที่มีระยะเวลาในการอ่านเฉลี่ย 438 bp การวิเคราะห์วิวัฒนาการขึ้นอยู่กับยีน 16S rRNA จาก metagenome ชี้ให้เห็นว่า microbiome กิมจิถูกครอบงำโดยสมาชิกของสามจำพวก: Leuconostoc, แลคโตบาซิลลัสและ Weissella กำหนดลำดับ Metagenomic เมล็ดพันธุ์ประเภท Metagenome อย่างรวดเร็วหมายเหตุใช้เทคโนโลยีระบบย่อย (MG-RAST) เซิร์ฟเวอร์เปิดเผยรายละเอียดลักษณะทางพันธุกรรมของการหมักกรดแลคติก heterotrophic ของคาร์โบไฮเดรตซึ่งได้รับการสนับสนุนจากการตรวจสอบของแมนนิทอล, แลคเตท, อะซิเตทและเอทานอล ผลิตภัณฑ์หมัก เมื่อ Metagenomic อ่านถูกแมปไปยังฐานข้อมูลของจีโนมเสร็จ Leuconostoc mesenteroides subsp mesenteroides ATCC 8293 และแลคโตบาซิลลัส subsp sakei จีโนม sakei 23K เป็นตัวแทนสูง เหล่านี้สองจำพวกเดียวกันได้รับการยืนยันที่จะมีความสำคัญในการหมักกิมจิเมื่อเสียงส่วนใหญ่ของกิมจิ Metagenomic ลำดับแสดงให้เห็นตัวตนที่สูงมากที่จะ mesenteroides Leuconostoc และยีนแลคโตบาซิลลัส นอกจากลำดับจีโนมของจุลินทรีย์จำนวนมากที่น่าประหลาดใจของลำดับดีเอ็นเอทำลายจุลินทรีย์ถูกระบุจากเศษโทรศัพท์มือถืออาจจะแสดงให้เห็นว่าสัดส่วนที่สูงของเซลล์ที่มีการติดเชื้อแบคทีเรียโดยระหว่างการหมัก โดยรวมผลเหล่านี้ให้ข้อมูลเชิงลึกในชุมชนจุลินทรีย์กิมจิและยังหลั่งน้ำตาแสงในกระบวนการหมักดำเนินการในวงกว้างโดยที่ซับซ้อน

Results (Thai) 3:

กิมจิเป็นอาหารแบบดั้งเดิมในวัฒนธรรมเกาหลี ทำจากผัก โดยการหมัก ในการศึกษานี้วิธีเมตาจีโนมิค ถูกใช้เพื่อตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในประชากรแบคทีเรีย , การเผาผลาญอาหารโดยรวมทางพันธุกรรมที่มีศักยภาพและคุณลักษณะของชุมชนจุลินทรีย์ในกระบวนการหมัก 30 วัน .เมทาจีโนมิกดีเอ็นเอจากตัวอย่างกิมจิได้เป็นระยะ ๆและลำดับการใช้ไทเทเนียม 454 GS flx ระบบซึ่งให้ผลรวมของ 701556 อ่านที่มีความยาวอ่านเฉลี่ย 438 BP . การวิเคราะห์ 16S rRNA phylogenetic ขึ้นอยู่กับยีนจาก metagenome พบว่าไมโครไบโ กิมจิ ถูกครอบงำโดยสมาชิกสามสกุล : ลิวโคน ตอค , Lactobacillus , และ weissella .งานของเมตาจีโนมิคลําดับการเมล็ดประเภทของ metagenome อย่างรวดเร็วหมายเหตุการใช้ระบบเทคโนโลยี ( mg-rast ) เซิร์ฟเวอร์เปิดเผยรายละเอียดทางพันธุกรรมลักษณะของการหมักกรดแลคติกแบบคาร์โบไฮเดรต ซึ่งได้รับการสนับสนุนโดยการตรวจหา lactate mannitol , อะซิเตทและเอทานอลเป็นผลิตภัณฑ์หมักเมื่อเมตาจีโนมิคอ่านสามบนฐานข้อมูลเสร็จสมบูรณ์ Genomes , ลิวโคน ตอคฆ่าเชื้อแล้วผสม subsp . เชื้อและฆ่าเชื้อแล้วผสม 8293 Lactobacillus sakei subsp . หา sakei 23 K แทนอย่างมากเหล่านี้เดียวกันสองสกุลที่ได้รับการยืนยันที่จะเป็นคนสำคัญในกิมจิหมักเมื่อส่วนใหญ่ของกิมจิมีเอกลักษณ์สูงมากเพื่อเมตาจีโนมิคลําดับลิวโคน ตอคฆ่าเชื้อแล้วผสมแลคโตบาซิลลัสและยีน นอกจากนี้จุลินทรีย์จีโนมลำดับ ตัวเลขขนาดใหญ่อย่างแปลกใจของเฟจลำดับดีเอ็นเอที่ถูกระบุจากทางมือถืออาจบ่งชี้ว่า สัดส่วนของเซลล์ที่ติดเชื้อจากแบคทีริโอฟาดจ์ในระหว่างการหมัก โดยรวม ผลลัพธ์เหล่านี้ให้ข้อมูลเชิงลึกในกิมจิชุมชนของจุลินทรีย์และยังหลั่งแสงในกระบวนการหมักออกไปในวงกว้างโดยที่ซับซ้อน