Abstract: HIV-1 protease is one of

Abstract:
HIV-1 protease is one of the most important drug targets commonly used to against AIDS. However, the emergence of drug resistance remains a significant limitation in the clinical treatment for AIDS. I50V mutation is one of the most significant mutations in HIV-1 protease. Molecular dynamic simulations were performed to investigate the dynamic properties and interaction of wild-type and I50V mutant HIV-1 protease as well as their binding with curcumin which is a substance in turmeric. As the crystallographic structure of the investigated complex was not available, it was built up starting with the crystallographic structure of the wild-type and I50V mutant HIV-1 PR complexed with Amprenavia (PDB entry 3NU5 and 3NU1). The curcumin was, then, introduced into the enzyme pocket using a molecular docking method. The MD simulations were performed for 3.5 ns using AMBER 9.0. From the results, we observed that the curcumin in both systems are flexible and move toward closing the flap region. This behavior generated more free space in the active site, making it possible for a few water molecules to form hydrogen bonds with active site. From RMSD results, the active site of wild-type structure had RMSD value greater than mutant structure, which implied that the mutant protease had higher structural stability than the wild-type protease. In addition, even though the flap opening was found in both systems, the flaps of the mutant open to a much greater degree than what was observed in wild-type protease due to the effect of the mutations and the loss of interactions between protease and curcumin.

Results (Thai) 1:

บทคัดย่อ: HIV-1 protease is one of the most important drug targets commonly used to against AIDS. However, the emergence of drug resistance remains a significant limitation in the clinical treatment for AIDS. I50V mutation is one of the most significant mutations in HIV-1 protease. Molecular dynamic simulations were performed to investigate the dynamic properties and interaction of wild-type and I50V mutant HIV-1 protease as well as their binding with curcumin which is a substance in turmeric. As the crystallographic structure of the investigated complex was not available, it was built up starting with the crystallographic structure of the wild-type and I50V mutant HIV-1 PR complexed with Amprenavia (PDB entry 3NU5 and 3NU1). The curcumin was, then, introduced into the enzyme pocket using a molecular docking method. The MD simulations were performed for 3.5 ns using AMBER 9.0. From the results, we observed that the curcumin in both systems are flexible and move toward closing the flap region. This behavior generated more free space in the active site, making it possible for a few water molecules to form hydrogen bonds with active site. From RMSD results, the active site of wild-type structure had RMSD value greater than mutant structure, which implied that the mutant protease had higher structural stability than the wild-type protease. In addition, even though the flap opening was found in both systems, the flaps of the mutant open to a much greater degree than what was observed in wild-type protease due to the effect of the mutations and the loss of interactions between protease and curcumin.

Results (Thai) 2:

บทคัดย่อ:
เอชไอวี -1 โปรติเอสเป็นหนึ่งในเป้าหมายของยาที่สำคัญที่สุดที่ใช้กันทั่วไปในการต่อต้านโรคเอดส์ แต่การเกิดขึ้นของการดื้อยายังคงเป็นข้อ จำกัด ที่สำคัญในการรักษาทางคลินิกสำหรับโรคเอดส์ การกลายพันธุ์ I50V เป็นหนึ่งในการกลายพันธุ์ที่สำคัญที่สุดในการติดเชื้อ HIV-1 protease การจำลองโมเลกุลแบบไดนามิกได้ดำเนินการในการตรวจสอบคุณสมบัติแบบไดนามิกและการทำงานร่วมกันของป่าชนิดและกลายพันธุ์ I50V เอชไอวี -1 โปรติเอสเช่นเดียวกับที่มีผลผูกพันกับขมิ้นชันของพวกเขาซึ่งเป็นสารในขมิ้น ในฐานะที่เป็นโครงสร้างผลึกของก็ไม่สามารถใช้ได้ที่ซับซ้อนการตรวจสอบมันก็สร้างขึ้นเริ่มต้นด้วยโครงสร้างผลึกของป่าชนิดและกลายพันธุ์ I50V HIV-1 ประชาสัมพันธ์ complexed กับ Amprenavia (PDB รายการ 3NU5 และ 3NU1) ขมิ้นชันได้รับแล้วนำเข้าสู่กระเป๋าของเอนไซม์ที่ใช้วิธีการเชื่อมต่อในระดับโมเลกุล จำลอง MD ได้ดำเนินการ 3.5 ns การใช้อำพัน 9.0 จากผลการศึกษาเราพบว่า curcumin ในทั้งสองระบบมีความยืดหยุ่นและย้ายไปยังภูมิภาคปิดพนัง ลักษณะการทำงานนี้สร้างพื้นที่ว่างมากขึ้นในการใช้งานเว็บไซต์ที่ทำให้มันเป็นไปได้สำหรับโมเลกุลของน้ำไม่กี่ที่จะสร้างพันธะไฮโดรเจนกับเว็บไซต์ที่ใช้งาน จากผล RMSD, เว็บไซต์ที่ใช้งานของโครงสร้างป่าชนิดมีค่า RMSD มากกว่าโครงสร้างกลายพันธุ์ซึ่งส่อว่าน้ำย่อยกลายพันธุ์มีเสถียรภาพของโครงสร้างสูงกว่าน้ำย่อยชนิดป่า นอกจากนี้แม้ว่าการเปิดพนังพบในทั้งสองระบบที่อวัยวะเพศหญิงของมนุษย์กลายพันธุ์ที่เปิดในระดับที่มากขึ้นกว่าสิ่งที่ถูกตั้งข้อสังเกตในน้ำย่อยชนิดป่าอันเนื่องมาจากผลกระทบของการกลายพันธุ์และการสูญเสียของการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรติเอสและขมิ้นชัน .

Results (Thai) 3:

บทคัดย่อ :
HIV-1 protease เป็นหนึ่งในยาที่สำคัญที่สุดเป้าหมายที่ใช้กันทั่วไปเพื่อต่อต้านโรคเอดส์ อย่างไรก็ตาม การเกิดขึ้นของความต้านทานยายังคงเป็นข้อจำกัดที่สำคัญในการรักษาทางคลินิกด้านโรคเอดส์ i50v การกลายพันธุ์เป็นหนึ่งในเรื่องที่สําคัญมากที่สุดในกระบวนการโปรติเอสแบบจำลองพลวัตเชิงโมเลกุลถูกดำเนินการเพื่อตรวจสอบคุณสมบัติแบบไดนามิกและอันตรกิริยาของยา i50v HIV-1 protease และกลายพันธุ์เช่นเดียวกับพวกเขา ผูกพัน กับ เคอร์คิวมิน ซึ่งเป็นสารในขมิ้น เป็นโครงสร้างทางการศึกษาที่ซับซ้อนไม่สามารถใช้ได้มันถูกสร้างขึ้นที่เริ่มต้นด้วยโครงสร้างทางของความเหมือนกับ i50v กลายพันธุ์ HIV-1 PR complexed กับ amprenavia ( 3nu5 รายการ และ 3nu1 GAS ) ที่สำคัญคือ แล้ว แนะนำลงใน Pocket โดยใช้เอนไซม์โมเลกุลเชื่อมต่อวิธีการ MD จำลองจำนวน 3.5 NS ใช้อำพัน 9.0 . ผลจากการทดลองเราสังเกตว่า เคอร์คิวมินในทั้งสองระบบมีความยืดหยุ่นและย้ายไปปิดพนังภูมิภาค พฤติกรรมนี้ สร้างพื้นที่ว่างมากขึ้นในเว็บไซต์ที่ใช้งานทำให้มันเป็นไปได้สำหรับไม่กี่เพื่อสร้างพันธะไฮโดรเจนกับโมเลกุลของน้ำที่ใช้งานเว็บไซต์ จากผล rmsd , เว็บไซต์ งาน โครงสร้างของมีค่า rmsd มากกว่าโครงสร้างที่กลายพันธุ์ซึ่งแสดงให้เห็นว่าโปรตีนกลายพันธุ์สูงมีความเสถียรมากกว่าโครงสร้างของโปรติเอส นอกจากนี้ แม้ว่าพนังเปิดพบในทั้งสองระบบอวัยวะเพศหญิงของ Mutant เปิดปริญญามากขึ้นกว่าที่พบในของโปรติเอสจากผลของการกลายพันธุ์และการสูญเสียของปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและโปรตีนขมิ้น .