Другой, не менее важной проблемой в области сельского хозяйства, в рамках ВТО является регулирование торговли генетически модифицированной продукцией (ГМП). Казахстан, уже столкнулись с проблемой регулирования ввоза ГМП, которые, как показывают многие исследования, негативно влияют на здоровье человека. Законодательные нормы на практике не выполняются, т.к. правоприменительная практика в этой области не работает – по некоторым оценкам на рынках стран.